به دنبال سقوط بنی صدر، سازمان مجاهدین خلق (منافقین) که با حمایت های بنی صدر کمال استفاده را برده و تشکیلات خود را گسترش داده بود، رسماً به فعالیت های تروریستی و اقدامات براندازی، دست زد. در رأس اهداف تروریستی منافقین، حزب جمهوری اسلامی و سران آن بود. فاجعه عظیم انفجار حزب جمهوری اسلامی و شهادت دبیرکل حزب آیت الله بهشتی و 72 تن از یاران رده اول انقلاب در 7 تیرماه 1360 از جمله این اقدامات تروریستی است. اما تصمیمات سریع و قاطع حضرت امام در جایگزینی مدیرانی که از نظام گرفته شده بودند، منافقان را در رسیدن به اهداف خود و ایجاد تزلزل در ارکان نظام ناکام کرد.